회사에서는 근로소득에 대해서만 연말정산하고, 내년 5월에 연말정산한 근로소득과 사업소득(기타소득)을 합산해서 종합소득세확정신고 해야 한다.

근로소득에서만 공제받을 수 있는 보험료, 의료비, 교육비, 신용카드등사용액, 주택자금, 주택마련저축 등은 근로기간 중(퇴사 전) 지출한 금액만 공제받을 수 있고 연말정산 때 신청해도 되고 종합소득세확정신고 때 신청해도 된다. 국민연금, 기부금, 연금저축 등은 연간 지출한 금액을 공제받을 수 있고 근로소득과 사업소득(기타소득)을 합산한 종합소득에서 공제한다.

재취업자와 마찬가지로 합산신고를 하지 않은 경우 납부할 세액의 20%에 해당되는 무신고가산세와 연 10.95%의 납부불성실가산세까지 물어야 하므로 주의가 필요하다.